高港辖区内拥有国家一类开放港口——泰州港，建有专门的国际集装箱运输码头。经泰州港起运由上海港中转的班轮可到达世界104个国家和地区。同时，已开通西至重庆、武汉，北至营口、大连，南至海口、蛇口的国内水运网络。
高港区拥有沿江岸线24.2公里，其中水深-10米以上的一级岸线13.6公里；水深-5至-8米的二级岸线长3.3公里。现可供开发利用的深水岸长9.5公里，可建设5万吨以上的码头近20个。
